海军作战部立即电告驻诺福克的“国际潜艇逃生与救援联络办公室”，要求后者尽最大的努力搜寻仍处于“失踪状态”的“圣胡安”号，并且命令潜艇搜救打捞舰的全体官兵立即登船，马上增援杰克逊维尔海域。“国际潜艇逃生与救援联络办公室”同时紧急联络英国、瑞典、挪威和日本的潜艇救援与打捞机构。

14日凌晨4时，美国康州格罗顿海军基地内，宪兵分头敲响了“圣胡安”号约140名官兵随军家属的家门。一位30岁的女性事后告诉记者说：“当我看到站在门前的是两名宪兵，且表情很不自然的时候，我几乎瘫软在地！”最后，她在一名宪兵的搀扶下，登车来到基地的会议室。

此时，基地的会议室里挤满了神情十分严肃的随军家属。一名海军中校很沉痛地宣布：“我们与‘圣胡安’号失去联络已经有9个小时了，现在正在全力搜救。”这番话让已经猜想没有好消息的家属们一下子就崩溃了，许多人当场痛哭失声。

14日凌晨5时，“圣胡安”号与外界奇迹般地恢复了联络，告知潜艇和官兵一切安好。

事件似乎扑朔迷离