维持了很短的一段时间，从万历中期开始，朝政日益懈怠，大臣的奏疏常被“留中”，即搁在宫中不加处理，三十多年不上朝听取大臣意见，缺了官也不补，中央行政机构六部的长官尚书、侍郎只剩下四五个，等待补缺的官员齐集京城，丧失经济来源，连正常的饮食都接济不上。同时，万历皇帝贪财的毛病越来越厉害，派了太监到全国各地收税开矿，四处骚扰，国家无法维持正常的经济、利会秩序。
万历帝非常宠爱郑贵妃，爱屋及乌，也特别宠爱郑贵妃所生的儿子朱常询。本来这是个人私事，但皇帝的偏爱则发展成为令朝廷上下不安的大问题，即所谓的“国本”之争。因为郑贵妃之子不是长子，按照传统儒家伦理规范，册立太子应遵循立长或立嫡的原则，也就是说长子或正妻所生之子才有资格被立为太子。
神宗没有嫡子他的长子朱常洛为恭妃工氏所生，一直受冷遇。万历皇帝采取拖延的方法迟迟不册立太子，他表示要把三个儿子同日封王，以示自己一视同仁。山于廷臣的一再抗议，万历二十九年(1601)卜月，朱常洛才得以正式册立为太子，朱常淘同日封为福王。到万历四十三年(16巧)五月，发生挺击案，挺击的目标直接对准太子。
