立后，历任旅长、师长、军长、纵队司令、集团军总司令。1936年任青海省政府代主席，1938年任青海省政府主席。抗日战争期间任第四十集团军总司令兼陆军第八十二军军长，派兵参加抗日战争。1945年当选国民党第六届中央监察委员。1948年9月兼任西北军政副长官。马步芳家族统治青海40年，尤以马步芳最为残忍凶狠、荒淫横暴，人称“土皇帝”。
1949年5月，华北、华东地区的战争形势一日千里，西北地区也解放在际。李宗仁一面在作仓皇南逃的准备，一面还强打精神与马鸿逵共商改组西北军政长官公署的计划。原来，原西北军政长官张治中已率代表团去北平参加和谈，所遗职务现由甘肃省政府主席郭寄峤以副长官名义暂行代理。尽管解放军的攻势已如破竹，却还有少数执迷不悟者，仍旧在做着接任西北军政长官职位、再当几年“西北王”的黄粱美梦。
“西北群马”中实力最强的，是宁夏马鸿逵和青海马步芳两家。马步芳大力开展“黄金外交”，走上层路线，给李宗仁、白崇禧、阎锡山等国民党大员送礼。白崇禧几经考虑，认为马步芳是匹“野马”，虽难驾驭，但还可以拿出来拼一拼，容易利用，而马鸿逵则是一匹“滑马”，常以“保境安民”为由