康熙五年（1666年），汤若望在失望和悲痛中去世，由于当年顺治皇帝赐下的墓地被没收，传教士们只好把他葬在别处。其他传教士被驱逐出境。

　　康熙八年（1669年），康熙消灭鳌拜亲政三个月后，恢复了汤若望的尊号，肯定了他的贡献，他的墓地被归还，遗体也被重新安葬，康熙派遣官员前往凭吊。康熙皇帝又和祖母太皇太后一起率领朝中所有大臣，亲临墓地按照中国礼俗悼祭汤若望。汤若望在去世三年后终于得到了他一生所做贡献相应的回报。他的所有名誉都得到恢复（“通玄教师”这一称号因讳被改为“通微教师”）。当时被处死的五位钦天监官员也同时得到了平反。

　　康熙九年（1670年），九十六刻历（沿用至今的农历）重新开始推行。

　　但康熙中后期以后，清政府对传教活动控制越来越紧，最终进入全面禁教阶段。

　　汤若望依靠科学行事，而非主观臆断或顾及政治因素。他这一率直的做法不符合中国国情以及那些潜规则，得罪了包括回回科秋官正吴明炫一党、明大统历的拥护者杨光先等一些守旧势力。在宗教上，