制碑文刻成石碑竖立在教堂前面。这一举动等于默认了汤若望有自由传教的权力。由于汤若望的声望，中国境内的传教士都得到了保护，入教的群众达上万人。

　　顺治十七年（1660年），汤在赐地上修建了一座圣母堂，堂前树碑，以满汉两种文字记载这个殊荣。汤的名望在中国达到了古往今来所有传教士的顶峰。

　　顺治十八年（1661年），顺治皇帝驾崩后，汤若望的地位每况愈下。文人杨光先作《摘谬论》和《辟邪论》，分别攻击西洋新法和基督教。杨光先在《摘谬论》中认为汤若望别有用心用西洋历法替代中国本土历法，是蔑视大清的恶毒之举。《辟邪论》以中国传统伦理观念为参照系全面批驳基督教义，激化了各方面矛盾。这时，汤若望中风病倒，由南怀仁代其履行公务。杨光先代表着儒士、回教徒等反西方传教士的一批人。这些人支持杨光先，使这一案件越发复杂。朝廷公开审理此案，汤若望和钦天监七位官员被判处死刑。孝庄太后直接干预此案，汤若望才被释放，历科李祖白、春官正宋可成、秋官正宋发、冬官正朱光显、中官正刘有泰五名中国官员被处死。九十六刻的新历法被废除，依旧采取一百刻的大统历。